เป็นโครงการที่บูรณาการวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และนวัตกรรมเข้ากับการเกษตร เพื่อให้นักเรียนและเกษตรกรมีทักษะการคิดวิเคราะห์ วางแผน และลงมือปฏิบัติอย่างเป็นระบบ

สถานศึกษาที่จัดการศึกษาตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ ที่นำหลักธรรมทางพระพุทธศาสนามาเป็นกรอบในการพัฒนามนุษย์แบบองค์รวม และบูรณาการการจัดการเรียนการสอนในสถานศึกษาตามหลักไตรสิกขา เพื่อพัฒนาผู้บริหาร ครู บุคลากรทางการศึกษา และนักเรียน ให้มีพฤติกรรมด้านกาย วาจา ใจ ในการดำเนินชีวิตที่ดีงาม (สะอาด สว่าง สงบ) สามารถอยู่ร่วมกับผู้อื่นได้อย่างมีความสุข และมีความเป็นจิตอาสา จิตสาธารณะ พัฒนาปัญญาอย่างสร้างสรรค์คำนึงถึงสิ่งแวดล้อม ร่วมรักษาเอกลักษณ์ และวัฒนธรรมอันดีงามของประเทศไทย และรู้รับผิดชอบตามบทบาทหน้าที่ของความเป็นพลเมืองไทย

โครงการโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. เป็นการดำเนินงานเพื่อสืบสานพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 9 ตามพระราชประสงค์ของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 10 ซึ่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (นายแพทย์ธีระเกียรติ เจริญเศรษฐศิลป์) ได้มอบหมายให้รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (หม่อมหลวงปนัดดา ดิศกุล) ดำเนินงานตามนโยบายภายใต้กรอบยุทธศาสตร์ชาติเกี่ยวกับเรื่องคุณธรรม โดยร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานในฐานะผู้รับผิดชอบการจัดการศึกษาสำหรับเยาวชนส่วนใหญ่ของประเทศให้เป็นพลเมืองที่มีคุณภาพอีกทั้งรับผิดชอบในการจัดการศึกษาเพื่อให้เยาวชนทุกคน มีความรู้ ความสามารถ เป็นคนดี คนเก่งและมีความสุข
          รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (หม่อมหลวงปนัดดา ดิศกุล) ได้กล่าวถึงศาสตร์พระราชาซึ่งเป็นศาสตร์ที่ครอบคลุม เรื่องเอกลักษณ์ของชนชาติไทย เช่น การอ่อนน้อมถ่อมตน การเป็นสุภาพชนความขยันหมั่นเพียร การซื่อสัตย์สุจริต ซึ่งเป็นคุณงามความดีของคนไทยที่บรรพชนไทยได้ปฏิบัติสืบทอดต่อกันมา ศาสตร์พระราชาให้ข้อคิดการประพฤติปฏิบัติตนไว้ว่า อย่าคบคนด้วยฐานะ คบคนด้วยความดีมีมิตรภาพด้วยความรักความผูกพัน และขอให้มีความกตัญญูรู้คุณต่อบิดามารดาผู้มีพระคุณ ประเทศชาติและพระมหากษัตริย์ ถ้าทุกคนปฏิบัติตนตามศาสตร์ของพระราชาแล้วก็จะเป็นพลเมืองที่มีคุณภาพ ประเทศก็จะมีแต่คนดีและทำให้ประเทศเจริญก้าวหน้า รวมทั้งน้อมนำหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงมาใช้ในชีวิตประจำวันเพื่อมุ่งให้เกิดภูมิคุ้มกันและมีการบริหารจัดการความเสี่ยงอย่างเหมาะสมเกิดความสมดุล และยั่งยืน แนวคิดหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงที่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ได้พระราชทานไว้กว่า 40 ปีที่ผ่านมา เพื่อให้ประชาชนชาวไทยนำไปเป็นแนวทางในการพัฒนาตนเองและครอบครัวให้มีภูมิคุ้มกันที่มั่นคงในการดำเนินชีวิตอย่างมีความสุข จึงนับได้ว่า“ศาสตร์พระราชา”เป็นเสมือนองค์ความรู้ที่อยู่คู่แผ่นดินไทย ซึ่งล้วนมุ่งให้ประชาชนทุกคนปฏิบัติตนเป็น “คนดี” ทั้งคิดดี พูดดี ทำดี ยึดมั่นในคุณธรรม จริยธรรม สุจริต มีวินัย และมีความสามัคคีซึ่งกันและกัน เพื่อร่วมกันพัฒนาประเทศชาติบ้านเมืองให้มีความเจริญก้าวหน้าเป็นปึกแผ่นมั่นคงตลอดไป
          นอกจากนี้พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ มีพระราชกระแสรับสั่งต่อประชาชนชาวไทยให้ “ช่วยสร้างคนดีให้บ้านเมือง” พร้อมทั้งพระราชทานหลัก 3 ประการที่เกี่ยวกับครูและนักเรียนไว้ว่า
          “ให้ครูรักเด็ก เด็กรักครู”
          “ให้ครูสอนให้เด็กมีน้ำใจต่อเพื่อนไม่ให้แข่งขันกัน แต่ให้แข่งกับตัวเองและให้เด็กที่เรียนเก่งช่วยสอนเพื่อนที่เรียนช้ากว่า”
          “ให้ครูจัดกิจกรรมให้นักเรียนทำร่วมกันเพื่อให้เห็นคุณค่าของความสามัคคี”
          จากพระราชกระแสรับสั่งข้างต้นสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูรทรงพระราชทานพระบรมราโชวาท ด้านการศึกษาเพื่อสานต่อพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 9 ว่า การศึกษาต้องมุ่งสร้างพื้นฐานให้แก่ผู้เรียน 4 ด้าน ดังนี้
           1. มีทัศนคติที่ถูกต้องต่อบ้านเมือง
           2. มีพื้นฐานชีวิตที่มั่นคง-มีคุณธรรม
           3. มีงานทำ-มีอาชีพ
           4. เป็นพลเมืองดี
          เพื่อเป็นการสืบสานศาสตร์พระราชา และสนองพระราชกระแสรับสั่งของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ และพระบรมราโชวาทด้านการศึกษาของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน จึงจัดทำโครงการโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. ขึ้น เพื่อมุ่งปลูกฝังให้ผู้บริหาร ครู นักเรียนและบุคลากรทางการศึกษาได้รับการปลูกฝังคุณธรรม 5 ประการ ได้แก่ 1) พอเพียง 2) กตัญญู 3) ซื่อสัตย์สุจริต 4) ความรับผิดชอบ และ 5) อุดมการณ์คุณธรรม โดยปีงบประมาณ พ.ศ. 2560 ให้แต่ละสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา คัดเลือกโรงเรียนเข้าร่วมโครงการคุณธรรม สพฐ. อย่างน้อยร้อยละ 35 และปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 โรงเรียนทุกโรงเรียนเข้าร่วมโครงการคุณธรรม สพฐ. 
          สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 โดยท่าน ดร.ไพศาล ปันแดน ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ได้ตระหนักถึงความสำคัญว่าโครงการโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. เป็นโครงการที่ดี ต้องทำทันที ต้องทำพร้อมกัน ต้องทำทั้งหมด โดยมอบหมายให้กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา เป็นผู้รับผิดชอบในการขับเคลื่อนนโยบาย และมีนโยบายให้โรงเรียนในสังกัดทุกโรงเรียนเข้าร่วมโครงการโรงเรียนคุณธรรม สพฐ. ทั้งหมด จำนวน 127 โรงเรียน กับ 1 สาขา (ครบ 100%) ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2560 เป็นต้นมา