เมื่อปีพ.ศ. 2546 พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ ให้มีการปรับโครงสร้างการบริหาร โดยมีการจัดตั้งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ขึ้นมีโรงเรียนในระดับประถมศึกษา และมัธยมศึกษาอยู่ในความรับผิดชอบ 4 อำเภอ ได้แก่อำเภอเดิมบางนางบวช อำเภอด่านช้าง อำเภอสามชุก และอำเภอหนองหญ้าไซ และเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 จึงได้มีการจัดตั้งสำนักงานเขตพื้นที่ โดยใช้อาคารของสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเดิมบางนางบวช เป็นสถานที่ทำการชั่วคราว ในขณะเดียวกันก็เตรียมจัดหาที่ตั้งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาถาวร โดยมีสถานที่ 3 แห่งคือ1.บริเวณโรงเรียนวัดเขาพระ 2.บริเวณโรงเรียนวัดเขาใหญ่มิตรภาพ (สภาพโรงเรียนยุบไปแล้ว) ตั้งอยู่ริมถนนสาย 340 ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของมหาวิทยาลัยราชภัฏเทพสตรี(ศูนย์เดิมบางนางบวช) และ3.บริเวณโรงเรียนวัดท่าช้าง ปัจจุบันโรงเรียนอนุบาลเดิมบางนางบวช(วัดท่าช้าง) ในขณะนั้นคณะกรรมการการจัดหาสถานที่ตั้งสำนักงานฯได้พิจารณาอาคารโรงเรียนวัดท่าช้าง ซึ่งตั้งอยู่ในบริเวณวัดท่าช้างเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้นหลังเก่า หมู่ 5 เขตเทศบาลตำบลเขาพระ อำเภอเดิมบางนางบวช มีความเหมาะสม จึงได้ทำการปรับสภาพพื้นที่ภูมิทัศน์ และปรับปรุงห้องทำงาน

เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2546 ถือว่ามีสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 อย่างเป็นทางการ จนถึงวันที่ 23 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 ราชกิจจานุเบกษามีการประกาศให้ พ.ร.บ.การศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2553,พ.ร.บ.ระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553 และ พ.ร.บ.ระเบียบข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา (ฉบับที่ 3) พ.ศ.2553 มีผลบังคับใช้ ให้แยกเขตพื้นที่การศึกษา 185 เขตทั่วประเทศ ซึ่งมีระบบการบริหารและการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาและระดับมัธยมศึกษาที่อยู่รวมกัน แยกออกเป็นเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา

ดังนั้นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 จึงเปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 รับผิดชอบโรงเรียนประถมศึกษาอำเภอเดิมบางนางบวช อำเภอด่านช้าง อำเภอสามชุก และอำเภอหนองหญ้าไซ และยังคงใช้อาคารหลังเดิมเป็นสถานที่ตั้งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา

ต่อมาเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2557 ดร.ไพศาล ปันแดน เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 หลังจากมารับตำแหน่งเพียงเดือนเศษ ได้ตรวจสภาพอาคารสำนักงาน ปรากฏว่ามีสภาพทรุดโทรม ไม่เหมาะสมกับการพัฒนาคุณภาพการศึกษา เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ.2558 ได้นำเรื่องการตั้งสำนักงานเขตหลังใหม่หารือในที่ประชุมผู้บริหารสถานศึกษา ปรากฏว่าได้รับการสนับสนุนส่งเสริม จากความสามารถของดร.ไพศาล ปันแดน ปีงบประมาณ 2558 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานพิจารณาจัดสรรเงินงบประมาณ 8,493,000 บาทให้ทำการก่อสร้างอาคารสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 แบบ สปช. 2/28(4 ชั้น 12 ห้องเรียน) โดยเริ่มก่อสร้างวันที่ 29 กรกฏาคม พ.ศ. 2558 ที่บริเวณพื้นที่สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเดิมบางนางบวชหลังเดิม เพื่อให้สำนักงานเขตพื้นที่ฯมีความสมบูรณ์แบบ ดร.ไพศาล ปันแดน ได้แสวงหาความร่วมมือจากผู้บริหารโรงเรียน คุณครู บุคลากร ลูกจ้างในสังกัดให้ก่อเกิดความสำนึกรักมีส่วนร่วมเป็นเจ้าของสำนักงานแผ่นดินถิ่นเกิด และความสามัคคีโดยบูรณะพระพุทธรูป “ไพศาลี”ขึ้นเป็นพระพุทธรูปประจำสำนักงานเขต เพื่อเป็นแหล่งรวมจิตใจ แปลงพลังศรัทธาเป็นกำลังทรัพย์ เมื่อวันที่ 12 สิงหาคม พ.ศ. 2558 ได้จัดกิจกรรมทอดผ้าป่าสามัคคีได้เงินจำนวน 4,572,963 บาท เพื่อสมทบการก่อสร้าง การปรับปรุงพัฒนาบริเวณสถานที่ปรับปรุงบ้านพัก 2 หลัง เคลื่อนย้ายบ้านพัก เคลื่อนย้ายอาคารสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเดิมบางฯหลังเดิมไปอยู่ริมแม่น้ำท่าจีนพร้อมปรับปรุงพัฒนาเป็นอาคารรับรองของสำนักงานเขตพื้นที่ โดยปีงบประมาณ 2559ได้รับงบประมาณเพื่อปรับปรุงซ่อมแซม 993,800 บาท และปีงบประมาณ 2560 ได้รับงบประมาณ เพื่อก่อสร้างหลังคาคลุมลานอเนกประสงค์จำนวน 4,353,000 บาทการก่อสร้างสำนักงานเขตพื้นที่หลังใหม่ จึงเปรียบเสมือนย้ายกลับบ้านหลังเดิมเมื่อครั้งกำเนิดเกิดเป็นสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานเป็นครั้งแรก การย้ายกลับบ้านหลังเดิมในครั้งสำคัญนี้บริเวณสภาพภูมิทัศน์ สถานที่โดยรอบ อาคารประกอบ ณ วันนี้ อาคารสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 จึงจะต้องเป็นไปอย่างสมบูรณ์ ณ วันนี้ถือว่าสามารถปฏิบัติงานได้อย่างครบถ้วน และเมื่อวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2560 เป็นวันที่ย้ายสำนักงานเขตพื้นที่เป็นทางการที่ต้องบันทึกไว้

1. นายมงคล มีสมภพ เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ( กรกฎาคม 2546-มิถุนายน 2547)

2. นายจำนงค์ ยอดขำ เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ( มิถุนายน 2547 –พฤศจิกายน 2549)

3. นายประจบ โพธิ์ปาน เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ( พฤศจิกายน 2549 - ตุลาคม 2551)

4. นางมณฑ์ธวัล วุฒิวิชญานันต์ เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ( เมษายน 2552 – พฤศจิกายน 2553)

5. นายจักรพรรดิ์ จิตมณี เป็นผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 ( พฤศจิกายน 2553 – ธันวาคม 2557)

6. ดร.ไพศาล ปันแดน เป็นูผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 3 (11 ธันวาคม 2557 - ปัจจุบัน)